Ada pun kasus-kasus pelanggaran HAM berat masa lalu yang hingga kini masih stagnan adalah peristiwa 1965, penembakan misterius 1982-1985, peristiwa Talangsari 1989, peristiwa Trisakti-Semanggi 1998, penculikan aktivis 1997-1998, kerusuhan Mei 1998, tragedi Semanggi II 1999 serta kasus Wasior dan Wamena 2001-2003.